Канонічне завершення серіалу «Нова ера — Єванґеліон». SEELE готується до втілення Проєкту комплементації людства за допомогою Серійних Єв. Завадити цьому може лише підпорядкована організація NERV. Асука перебуває в післяопераційній палаті і не може пілотувати. Доля світу залежить від того, чи розбереться Шінджі в собі.